『地に蔓延りし我ら罪人の群 願わくば、君が澪音の世界に囚われないことを・・・』

ああ、なるほど。
Eclipseのアップデートがなんか知らんが失敗するなあ、とか思ってたら、権限の問題だったんだな。
普通にショートカットから起動していたんだが、それだと僕の通常アカウントでの実行になって、アップデートする際に /usr/lib/eclipseあたりに追加するときにそれが出来ない。
だから

sudo eclipse

で実行することによって、目出度くアップデートすることが出来た。